Yhtymävaltuusto on koulutuskuntayhtymän korkein päättävä elin.
Yhtymähallitus johtaa, ohjaa ja kehittää koulutuskuntayhtymän toimintaa.
Kuntayhtymän johtaja johtaa, suunnittelee ja valvoo koulutuskuntayhtymän toimintaa ja tekee yhtymähallitukselle esityksiä.
Ammattikorkeakoulun rehtori johtaa Kemi-Tornion ammattikorkeakoulua apunaan operatiivisessa ja strategisessa johtamisessa toimivat ammattikorkeakoulun johtoryhmä ja hallitus.